Nota Bene propose une autre façon de découvrir l’Histoire de France et du monde, en la prenant par tous ses côtés : sociale, économique, scientifique, politique. Benjamin Brillaud y alterne des émissions thématiques et des entretiens avec des historiens, des archéologues et des chercheurs, de l’Antiquité à nos jours. Les épisodes durent environ huit minutes et sont publiés chaque jour.
Les numéros récents illustrent cette diversité : « Que signifient vraiment les lignes de Nazca ? », « Les origines de la Mafia », ou encore la manière de déchiffrer de vieux manuscrits, en entretien avec Marc Smith.
Plusieurs formats coexistent, repérables à leur mention en fin de nom : « Nota Bene » pour l’émission principale, « Entretien » pour les discussions, « En bref » pour les formats brefs et « Extrait ». Zoë Dubus intervient ainsi sur l’image négative des drogues, et un extrait demande si les sorcières se droguaient.